Berdasarkan Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-24/PJ/2012 tanggal 22 November 2012 tentang Bentuk, Ukuran, Tata Cara Pengisian Keterangan, Prosedur Pemberitahuan Dalam Rangka Pembuatan, Tata Cara Pembetulan atau Penggantian, dan Tata Cara Pembatalan Faktur Pajak, untuk penerbitan Faktur Pajak mulai tanggal 1 April 2013 harus mengikuti Sistem Penomoran Baru.
Dalam peraturan tersebut, penomoran Faktur Pajak tidak lagi dilakukan sendiri oleh PKP, melainkan dikendalikan oleh Direktoran Jendral Pajak (DJP) melalui pemberian nomor seri Faktur Pajak yang ditentukan bentuk dan tatacaranya oleh DJP.
Untuk mendapatkan Nomor Seri Faktur Pajak, PKP perlu mengajukan surat permohonan kode aktivasi dan password secara tertulis ke Kantor Pelayanan Pajak (KPP) tempat PKP terdaftar. Surat pemberitahuan kode aktivasi akan dikirimkan melalui pos ke alamat PKP, sedangkan password akan dikirimkan lewat email.
Setelah mendapat kode aktivasi dan password, kemudian PKP mengajukan surat permintaan nomor seri Faktur Pajak ke Kantor Pelayanan Pajak (KPP) tempat PKP terdaftar untuk kebutuhan 3 (tiga) bulan. Selanjutnya, PKP akan mendapatkan surat pemberitahuan nomor seri Faktur Pajak untuk digunakan dalam penomoran Faktur Pajak.
Kebijakan ini merupakan langkah lanjutan, setelah program registrasi ulang Pengusaha Kena Pajak (PKP), dalam rangka meningkatkan tertib administrasi Pajak Pertambahan Nilai (PPN).
Kebijakan ini juga merupakan salah satu upaya untuk menghindari terjadinya segala bentuk penyalahgunaan Faktur Pajak dari pihak-pihak yang tidak bertanggung jawab, peraturan tentang Faktur Pajak kembali mengalami perubahan. Diharapkan juga, Pelayanan dan kenyamanan kepada seluruh Pengusaha Kena Pajak akan meningkat.
